Il percorso del Museo prosegue con tre sale comunicanti, riservate alla Sezione Paleontologica.

Con la comparsa delle prime forme di vita si attraversano le varie ere, con in particolare l’esposizione dell’Emiliomya malnatensis, unica al mondo, che ha concorso alla fama del Museo dato il ritrovamento in Malnate.

L’esposizione della sezione è didattica; infatti i reperti sono affiancati da cartelloni didascalici e tecnici e da tavole dipinte. La rassegna termina col Quaternario, con la sagoma a grandezza naturale di un mammouth, le cui parti di ossa sono esposte nel Museo, e colla comparsa del genere "Homo".

Nell’esposizione vi sono fossili di tutte le ere geologiche, distribuiti lungo un percorso (ricco di pezzi di pregio scientifico) che attraversa la storia della Terra dall’Era Archeozoica fino ad oggi. Alcune vetrine sono dedicate ad argomenti particolari, come il processo di fossilizzazione e le leggende riguardanti il mondo dei fossili.

Sezione Paleontologica Museo di Scienze Naturali Mario Realini Malnate